2020年3月，南京伯乐中学发布招生简章。招生对象为南京市栖霞区应届小学毕业生。招生计划招收6个班级，每班45人，共270人。报名条件要求学生在栖霞区拥有户籍，或房产证与户口簿一致。非南京市户籍学生需提供父母在栖霞区连续居住满一年的居住证，以及父母一方在南京市连续缴纳社会保险满一年的记录。报名时间为2020年6月1日至6月15日。报名地点为南京伯乐中学校门卫室。报名材料包括户口簿原件及复印件、房产证原件及复印件、小学素质报告书、一寸免冠照片两张。学校于2020年7月10日公布录取名单，发放录取通知书。
2020年8月，南京市栖霞区教育局收到南京伯乐中学收费举报。举报人通过电话和信件两种渠道反映收费问题。举报内容涉及2020年招生期间，学校向部分学生家长收取“捐资助学款”。举报人提供转账记录截图和收款收据照片。收据显示收款单位为“南京伯乐中学”，收款事由为“教育发展基金”。单笔金额为30000元至50000元不等。举报人共计12名，涉及金额合计46万元。栖霞区教育局于2020年8月15日启动调查程序。调查人员走访学校财务室，调取2019年9月至2020年8月银行流水和财务凭证。调查人员与14名被收费学生家长进行面谈，制作询问笔录。2020年9月10日，栖霞区教育局发布调查结果通报。通报认定南京伯乐中学在2020年招生过程中，向12名学生家长收取费用，共计46万元，该行为违反《江苏省中小学收费管理办法》。栖霞区教育局责令南京伯乐中学于2020年9月30日前退还全部违规收费。南京伯乐中学于2020年9月25日完成退款，向12名家长分别退还全额费用共46万元。栖霞区教育局对南京伯乐中学全校通报批评，取消学校2021年度评优评先资格。南京伯乐中学校长在2020年10月15日全区教育工作会议上做书面检查。
